Ils peuplent notre ventre, influencent notre moral, notre énergie et même nos défenses immunitaires. Invisibles mais essentiels, les milliards de micro-organismes qui habitent nos intestins forment ce que les scientifiques appellent le microbiote intestinal. Véritable écosystème vivant, il joue un rôle clé dans la digestion, la régulation du système immunitaire, la production de certaines vitamines et la communication entre l’intestin et le cerveau.

Mais pour qu’il fonctionne harmonieusement, encore faut-il savoir l’entretenir. Et c’est là qu’entrent en scène deux acteurs parfois confondus : les probiotiques et les prébiotiques. Deux termes proches, mais deux fonctions bien distinctes.

Un organe invisible mais vital

Depuis une quinzaine d’années, les chercheurs ont redécouvert l’importance du microbiote, au point de le considérer comme un “organe à part entière”. L’Inserm parle d’ailleurs d’un “organe métabolique oublié”, tant son influence est vaste.

Un microbiote équilibré favorise une bonne santé globale. À l’inverse, lorsqu’il est perturbé — un état qu’on appelle dysbiose — il peut contribuer à de nombreux troubles : problèmes digestifs, inflammation chronique, prise de poids, anxiété, voire diabète ou maladies auto-immunes...

Ce qui entretient cet équilibre, ce sont en grande partie nos habitudes alimentaires. Et notamment, notre capacité à apporter à nos bactéries intestinales ce dont elles ont besoin pour prospérer.

Les probiotiques : des bactéries vivantes alliées de notre santé

Le mot “probiotique” vient du grec pro bios, “pour la vie”. Selon l’Organisation mondiale de la santé, les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, consommés en quantité adéquate, exercent un effet bénéfique sur la santé.

Ces bactéries “amies” colonisent temporairement notre intestin et aident à renforcer la barrière intestinale. Elles limitent la prolifération de bactéries pathogènes, régulent la digestion, modulent notre immunité et, de plus en plus démontré, influencent aussi notre humeur.

Des recherches publiées en 2023 dans Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology montrent que certaines souches, comme Lactobacillus rhamnosus ou Bifidobacterium longum, peuvent réduire les symptômes d’anxiété légère à modérée. Ces “psychobiotiques” participent à la production de neurotransmetteurs comme la sérotonine, liée au bien-être.

Côté alimentation, on les trouve dans les produits fermentés : yaourts, kéfir, kombucha, miso, tempeh, choucroute crue ou encore kimchi. Certains fromages affinés, comme le comté ou le gouda vieilli, en contiennent aussi naturellement.

L’essentiel est de privilégier des aliments non pasteurisés, car la chaleur détruit les bactéries vivantes. Ajouter un peu de choucroute crue en fin de cuisson ou choisir un yaourt nature plutôt qu’un dessert industriel ultra-sucré est déjà un bon réflexe.

Les prébiotiques : nourrir les bonnes bactéries

Si les probiotiques sont des bactéries vivantes, les prébiotiques sont, eux, leur nourriture. Ce sont des fibres spécifiques qui échappent à notre digestion mais servent de carburant aux bonnes bactéries du côlon. En les nourrissant, elles favorisent leur croissance et leur activité.

Les prébiotiques sont naturellement présents dans de nombreux fruits, légumes et céréales : poireaux, oignons, ail, artichauts, topinambours, bananes, pommes, kiwis, mais aussi dans l’avoine, le seigle, l’orge et les légumineuses comme les lentilles ou les pois chiches. Ces fibres permettent aux bactéries intestinales de produire des acides gras à chaîne courte, notamment le butyrate, reconnu pour ses effets anti-inflammatoires et protecteurs de la muqueuse intestinale.

Une étude publiée dans Cell Metabolism en 2022 a confirmé que ces acides gras contribuent à réguler la glycémie et le poids, tout en renforçant l’immunité.

Autrement dit, pour nourrir notre microbiote, il ne faut pas seulement manger vivant, mais aussi manger végétal et varié. Les prébiotiques sont les fibres contenues dans les légumes et les fruits.

Un duo gagnant

Les probiotiques et les prébiotiques fonctionnent en synergie. Les premiers colonisent notre intestin, les seconds les nourrissent. Ensemble, ils forment ce qu’on appelle un “synbiotique”. Pour imager, on peut dire que le probiotique est la graine, et le prébiotique, le terreau qui lui permet de pousser.

Cette complémentarité se retrouve facilement dans l’alimentation. Un petit-déjeuner composé de yaourt nature, de flocons d’avoine et d’une banane réunit à lui seul les deux catégories. Un déjeuner à base de lentilles et d’oignons ou un dîner avec des légumes racines et un peu de pain au levain en font autant.
Il n’est donc pas nécessaire de se supplémenter pour bénéficier de leurs effets : une alimentation variée, riche en fibres et en aliments fermentés, suffit à entretenir le microbiote au quotidien.

Les compléments alimentaires : utiles, mais pas indispensables

Les probiotiques existent aussi sous forme de gélules. Certaines sont efficaces, d’autres beaucoup moins. Leur intérêt réside surtout dans les situations particulières : après un traitement antibiotique, en cas de troubles digestifs chroniques ou pour soutenir le microbiote en période de stress.

Mais pour être efficaces, les compléments doivent contenir des souches identifiées, en quantité suffisante. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) rappelle qu’une dose efficace se situe entre 1 et 100 milliards d’unités formant colonie par jour, selon la souche, et qu’aucune allégation de santé ne peut être faite sans preuve scientifique solide.

Les aliments, eux, ont l’avantage d’apporter ces micro-organismes de manière plus naturelle et durable, dans un environnement riche en nutriments.

Entretenir son microbiote jour après jour

Les scientifiques s’accordent aujourd’hui sur un point : le microbiote se régénère rapidement. Une alimentation déséquilibrée ou un stress prolongé peuvent appauvrir la diversité bactérienne en quelques jours, mais une reprise d’habitudes saines suffit souvent à la restaurer.

Les chercheurs de l’université de Harvard recommandent ainsi cinq gestes simples : consommer une grande variété de plantes chaque semaine, limiter les produits ultra-transformés, intégrer chaque jour un aliment fermenté, pratiquer une activité physique régulière et préserver un bon sommeil. Ces habitudes, simples mais constantes, permettent de maintenir un microbiote résilient et protecteur.

L’essentiel : cultiver la diversité

En résumé, les probiotiques apportent des bactéries bénéfiques, tandis que les prébiotiques nourrissent celles déjà présentes dans notre intestin. Leur action combinée soutient notre digestion, notre immunité et même notre équilibre émotionnel.

Mais au-delà de la science, il y a une philosophie : celle de la diversité et de la lenteur. Manger de tout, prendre le temps de savourer, écouter son corps. Le microbiote aime la variété, les fibres, la vie… et un peu de sérénité.

Prendre soin de son ventre, ce n’est donc pas seulement une question de nutrition : c’est une manière d’entretenir le dialogue entre notre corps et notre esprit. Et peut-être aussi, de redécouvrir une forme d’équilibre intérieur, profondément humaine.

Sources

  • OMS (2023), Definition and health effects of probiotics and prebiotics
  • Inserm (2024), dossier “Microbiote intestinal et santé”
  • EFSA Journal (2023), Scientific Opinion on the use of probiotics and synbiotics
  • Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology (2023)
  • Cell Metabolism (2022), Short-chain fatty acids and metabolic health
  • Harvard Health Publishing (2024), Gut microbiome and diet diversity